Pembelajaran di Universitas Borobudur menerapkan Sistem Kredit Semester. Kegiatan mahasiswa dikelompokkan dalam unit semester (6 bulan) dan beban studinya dinyatakan dalam satuan kredit semester (sks). Setiap mata kuliah yang dinyatakan dalam kurikulum diberi bobot sks yang besarnya disesuaikan dengan kadar kontribusi mata kuliah tersebut dalam pembentukan kompetensi keilmuan dan/atau keterampilan yang ditetapkan.

Pada setiap semester sejumlah mata kuliah didisain sebagai beban studi mahasiswa kumulatif. Mata kuliah semester tersebut saling berintegrasi membentuk kompetensi parsial. Sekalipun demikian, kelulusan setiap mata kuliah berdiri sendiri sehingga seorang mahasiswa hanya mengulang kuliah yang tidak lulus saja. Kompetensi parsial tersebut akan menjadi satu kesatuan yang utuh bila mahasiswa yang bersangkutan telah menyelesaikan semua beban studi semester yang dipersyaratkan dalam kurikulum.

Sistem akademik yang disebutkan di atas di Universitas Borobudur telah dituangkan dalam peraturan, pedoman, petunjuk pelaksanaan, dan petunjuk teknis yang dapat diikuti oleh oleh seluruh civitas akademika dengan penuh berdisiplin. Melalui peraturan tertulis tersebut, proses pembelajaran, layanan akademik, dan kehidupan akademik di lingkungan Universitas Borobudur telah tersistem dan berjalan efektif.